Senat Mahasiswa (SEMA) Akademi Farmasi YPF adalah lembaga tertinggi kemahasiswaan yang menjalankan fungsi eksekutif. SEMA sebagai sentral koordinasi dan informasi serta memiliki peran sebagai penampung, penyalur, pengontrol, pengakomodir bakat, minat, profesi, dan kegiatan mahasiswa di lingkungan SEMA) Akademi Farmasi YPF. Sedangkan lembaga organisasi intra kampus yang ada di bawahnya meliputi Unit-unit Kegiatan Mahasiswa (UKM) atau Himpunan Mahasiswa (HIMA).

Tugas dan Fungsi SEMA Akademi Farmasi YPF sebagaimana tercantum dalam AD-ART SEMA Akademi Farmasi YPF adalah:

• Membuat program kerja dan melaksankannya dengan persetujuan ketua SEMA Akademi Farmasi YPF.
• Melaksanakan ketetapan Dewan Perwakilan Mahasiswa dan mengoordinasikan semua kegiatan SEMA Akademi Farmasi YPF.

Struktur SEMA Akademi Farmasi YPF terdiri atas: Ketua, wakil ketua, sekretaris, dan bendahara yang selanjutnya disebut Badan Pengurus Harian (BPH). BPH membawahi beberapa seksi yaitu Seksi Kerohanian, Seksi Kesenian dan Olah Raga, Seksi Pendidikan, Seksi Hubungan Masyarakat, dan Koperasi Mahasiswa.